Au CJCA, les programmes d’intervention clinique font notamment référence aux problématiques suivantes :

1. L'abandon
2. La négligence et les mauvais traitements psychologiques
3. Les problèmes d’abus (sexuels, physiques, psychologiques)
4. Les troubles de comportement sérieux
5. Les problématiques de santé mentale, de déficience intellectuelle et de troubles de la conduite
6. La délinquance
7. La toxicomanie

Le CJCA offre donc différents services à ses usagers pour chacun de ces programmes d’intervention en trois grands secteurs d’activité :

1. Les services de protection de la jeunesse (psychosociaux) incluant les jeunes contrevenants
2. Les services d’hébergement en ressource de type familial
3. Les services de réadaptation avec ou sans hébergement

Il offre aussi des services particuliers pour :

1. L’adoption
2. La recherche d’antécédents et de retrouvailles
3. L’expertise à la Cour Supérieure

Ces services à la clientèle sont appuyés par des services support (exemples : contentieux, évaluation et recherche, logistique en lien avec l'hébergement, gestion des ressources financières et informationnelles, gestion et développement des ressources humaines, support à l'intervention et support à la réadaptation, admission, psychologie, santé, etc.).

Le Centre jeunesse Chaudière-Appalaches collabore étroitement avec les réseaux de services locaux et les services régionaux  offerts en Chaudière-Appalaches et destinés aux enfants, aux jeunes et à leur famille par les CSSS, le CRAT-CA, les services de pédopsychiatrie, le secteur communautaire, les centres de la petite enfance (CPE), les corps policiers, les commissions scolaires, etc.